1. 噬菌体识别吸附机制研究

2. 噬菌体饲用抗菌剂的研发

3. 动物肠道噬菌体功能研究

1.国家自然科学基金面上项目“沙门氏菌噬菌体肠道定植对微生物群落调控及肠粘膜屏障修复机制研究”（32273095 ），2023.1-2026.12，主持。

2.农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室开放基金项目“噬菌体对雏鸡肠道菌群屏障建立及肠黏膜免疫调控作用的研究”（2021DG700024-KF202104），2021.1-2022.12。

3.立华南京农业产业研究院科研基金项目“市场上高效替抗产品的甄选和验证”（NYCYYJYYFS-202203-006），15万，2021.10-2022.10，主持。

4.国家自然科学基金青年基金“肠炎沙门氏菌噬菌体尾丝受体结合蛋白的结构解析及其在宿主感染识别中的分子机制”（31701725），2018.1-2020.12。

5.江苏省农业科技自主创新资金“噬菌体产品常温保存及体内缓释关键材料及技术研发”cx（20）3012），2020.8-2022.7。                                                            

6.国家重点研发计划“防治禽产气荚膜梭菌新型生物防控技术的研发”（2018YFE0101900），2019.8-2022.7，排名第2，项目骨干。                                                                   

7.国家自然科学基金，面上项目“肠出血性大肠杆菌O157噬菌体尾突蛋白对宿主受体的靶向识别机制及其动态抑菌效应研究”（31950410562），2020.1-2023.12，在研，参与，排名第2。

代表性论文：

1.Bao H#, Xue Y#, Zhang Y, et al. Encapsulated essential oils improve the growth performance of meat ducks by enhancing Intestinal morphology, barrier function, antioxidant capacity and the cecal microbiota[J]. Antioxidants, 2023, 12(2): 253. 

2.Zhang Y, Gan Y, Bao H*, et al. Perturbations of gut microbiome and metabolome of pigs infected with Mycoplasma hyorhinis[J]. Journal of the Science of Food and Agriculture, 2023.                                                         3.Zhang Y, Gan Y, Wang J, Feng Z, Zhong Z, Bao H*, Xiong Q*, Wang R*. Dysbiosis of gut microbiota and intestinal barrier dysfunction in pigs with pulmonary inflammation induced by Mycoplasma hyorhinis infection[J]. mSystems, 2022: e00282-22 

4.Bao H, Zhang H, Zhou Y, et al. Dysbiosis and intestinal inflammation caused by Salmonella Typhimurium in mice can be alleviated by preadministration of a lytic phage[J]. Microbiological Research, 2022, 260: 127020. 

5.Shahin K#, Bao H#, Zhu S, et al. Bio-control of O157: H7, and colistin-resistant MCR-1-positive Escherichia coli using a new designed broad host range phage cocktail[J]. LWT- Food Science and Technology, 2022,154: 112836. 

6.Bao H, Zhou Y, Shahin K, et al. The complete genome of lytic Salmonella phage vB_SenM-PA13076 and therapeutic potency in the treatment of lethal Salmonella Enteritidis infections in mice[J]. Microbiological research, 2020, 237: 126471. 7. Bao H, Zhang H, Zhou Y, et al. Transient carriage and low-level colonization of orally administrated lytic and temperate phages in the gut of mice[J]. Food Production, Processing and Nutrition, 2020, 2(1): 1-8.

8.Bao H. Molecular characterization of two bacteriophage strains and their role in the gastrointestinal tract of mice[D]. Pietermaritzburg: University of KwaZulu-Natal, 2018.9.Bao H, Shahin K, Zhang Q, et al. Morphologic and genomic characterization of a broad host range Salmonella enterica serovar Pullorum lytic phage vB_SPuM_SP116[J]. Microbial pathogenesis, 2019, 136: 103659. 

10.朱树娇,张辉,周艳,董俊,德艳艳,张永柱,仲召鑫,王冉*,包红朵*.噬菌体复合制剂对肉鸡生长性能、免疫功能、肠道形态及肠道菌群的影响[J].动物营养学报,2022,34(05):2928-2939.                11.包红朵, 夏兴, 朱树娇, 仲召鑫, 夏雨, 王冉. 噬菌体赋形剂的种类、配方及包封技术的研究进展[J].微生物学通报, 2022,49(5):1823-1831.

12.包红朵, 呼圣杰, 王冉.沙门氏菌噬菌体在动物和食品中的生物防控研究进展[J].食品安全质量检测学报,2022,13(02):605-611.

13.仲召鑫, 朱树娇, 张辉, 周艳, 王冉*, 包红朵*. 屎肠球菌噬菌_Efa S_29生物学特性及基因组分析[J].微生物学通报, 2021.48(9):3154-3164.

14.包红朵, 朱树娇, 张辉, 周艳, 张旭晖, 庞茂达, 孙利厂, 李维, 王冉. 沙门菌噬菌体抗性菌的筛选鉴定及致病力研究[J]. 微生物学报, 2020, 60(4): 759-768.              

授权专利：

1.包红朵, 王冉, 张辉, 周艳, 朱树娇, 仲召鑫. 一种噬菌体凝胶及其制备方法和应用 ZL2021109597484, 20218.20. 2023.7.21;

2.包红朵, 王冉, 周艳, 张辉, 朱树娇, 仲召鑫. 一种核壳型噬菌体粉剂及其制备方法和应用ZL2021109605283; 2021.8.20; 2023.5.12;        

3.Zhang H, Bao H, Wang R, Pang M, Wu L. STRAIN OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS PHAGE, BACTERIOSTATIC AGENT INCLUDING THE PHAGE, AND PREPARATION METHOD AND USE THEREOF. NL 2026421 . 2023. Nederland. 

4.张辉，包红朵，一株产气荚膜梭菌噬菌体、包括噬菌体的抑菌剂及制备方法和应用，ZL202010447689.8,2020.5.25, 2022.06.17

5.张辉，包红朵，一种噬菌体组合物、抑菌剂及其应用， ZL202110332620.5, 2021.3.29, 2022.07.05.