2003年，江苏省农业科学院农产品质量安全与营养研究所应时而立。研究所秉持“求真求实、勇攀高峰” 的发展理念，瞄准高水平国际化现代研究所建设目标，聚焦保障区域食品质量安全和人民对美好食物的向往，为实现农产品品种培优、品质提升、品牌打造和标准化生产提供科技支撑。

研究所先后完成829余项国家、省部级项目，其中国家自然科学基金94项（重点基金1项），战略／政府间合作项目5项，制定国家及行业标准47项，在小麦镰刀菌毒素、水稻病虫害绿色防控、兽药和人畜共患菌污染、叶菜全产业链智能管控、模拟Bt­Cry毒素抗虫蛋白等方面研究成果显著，获得了省部级二等奖以上奖项24项。培养了一批国务院政府特贴专家、万人青拔、全国巾帼建功标兵、省有突出贡献专家、省“333工程”二层次人才、省杰青、省优青等中青年人才。研究所拥有省部共建国家重点实验室培育基地、农业农村部农产品质量安全风险评估实验室（南京）、农业农村部农产品及加工品监督检验测试中心（南京）、国际噬菌体研究中心、国际镰刀菌毒素研究中心等创新平台17个，拥有7000余万元的仪器设备。下设6个创新团队和综合办公室。

一、农产品产地有机污染减控创新团队

致力于从产地源头保障农产品质量安全，专注产地修复和高质量农田建设，聚焦产地污染物风险监测与评估、污染效应与机理研究、危害物减控技术研发。

二、畜产品安全与营养创新团队

开展兽药残留及食源性微生物危害识别、风险评估，细菌耐药性及传播风险防控，噬菌体资源与防控产品研发，畜禽产品营养品质评价与产品优质化研究。

三、粮油安全与营养创新团队

开展粮油作物质量安全风险监测、评估、形成机制、全产业链管控技术、产品及标准体系，转基因生物安全检测与评估，品质与营养健康研究。

四、农产品质量安全全程控制技术创新平台

利用现代分子生物学和人工智能技术，构建新型安全抗虫蛋白材料创制与应用技术体系；开展农产品全程质量标准化、智能化管控体系构建与推广。

五、农产品营养品质评价与调控创新团队

开展农产品特征营养成分挖掘、评价、标准体系构建，营养品质保持、调控研究，提供农产品及中药材品质检测、标准规范制定、危害物筛查等服务

六、果蔬产品安全与健康创新团队

开展果蔬产品风险因子检测、累积转化、毒理机制、控制技术，作物健康、环境胁迫、品质形成及控制研究，健康与功能性评估与安全性评价。